Quantcast

Atomic charge changed during conversion from pdb to mol2

Previous Topic Next Topic
 
classic Classic list List threaded Threaded
3 messages Options
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Atomic charge changed during conversion from pdb to mol2

samdani
Dear open babel community

I used MOPAC to minimize the ligand and obtain the output in PDB format with atomic charges. When I converted the PDB file to mol2 using babel the atomic charges were found to be modified. Can anyone help me to preserve the charges during conversion or any other mode of way to obtain the ligand output with atomic charges preserved? Below am pasting the PDB file and mol2 file for reference.

The PDB file
ATOM      1  O   LIG A   1      -2.264  -1.020   0.122  1.00         -0.39  PROT O
ATOM      2  O   LIG A   1       2.796   0.538  -0.113  1.00  -0.39  PROT O
ATOM      3  C   LIG A   1      -1.114  -0.659   0.066  1.00          0.41  PROT C
ATOM      4  C   LIG A   1      -0.751   0.792  -0.005  1.00          0.00  PROT C
ATOM      5  C   LIG A   1       0.001  -1.641   0.066  1.00         -0.22  PROT C
ATOM      6  C   LIG A   1       0.532   1.171  -0.065  1.00         -0.28  PROT C
ATOM      7  C   LIG A   1       1.275  -1.250   0.008  1.00         -0.20  PROT C
ATOM      8  C   LIG A   1       1.640   0.192  -0.062  1.00          0.43  PROT C
ATOM      9  C   LIG A   1      -1.893   1.734  -0.003  1.00         -0.45  PROT C
ATOM     10  H   LIG A   1      -0.305  -2.687   0.117  1.00          0.18  PROT H
ATOM     11  H   LIG A   1       0.839   2.216  -0.119  1.00          0.19  PROT H
ATOM     12  H   LIG A   1       2.118  -1.944   0.006  1.00          0.18  PROT H
ATOM     13  H   LIG A   1      -2.493   1.632   0.919  1.00          0.18  PROT H
ATOM     14  H   LIG A   1      -1.591   2.787  -0.085  1.00          0.16  PROT H
ATOM     15  H   LIG A   1      -2.589   1.523  -0.834  1.00          0.18  PROT H
END

Converted mol2 file using babel
@<TRIPOS>MOLECULE
A_lig1.pdb
 15 15 0 0 0
SMALL
GASTEIGER

@<TRIPOS>ATOM
      1  O         -2.2640   -1.0200    0.1220 O.2     1  LIG1       -0.2876
      2  O          2.7960    0.5380   -0.1130 O.2     1  LIG1       -0.2879
      3  C         -1.1140   -0.6590    0.0660 C.2     1  LIG1        0.1821
      4  C         -0.7510    0.7920   -0.0050 C.2     1  LIG1       -0.0002
      5  C          0.0010   -1.6410    0.0660 C.2     1  LIG1       -0.0111
      6  C          0.5320    1.1710   -0.0650 C.2     1  LIG1       -0.0084
      7  C          1.2750   -1.2500    0.0080 C.2     1  LIG1       -0.0113
      8  C          1.6400    0.1920   -0.0620 C.2     1  LIG1        0.1795
      9  C         -1.8930    1.7340   -0.0030 C.3     1  LIG1       -0.0360
     10  H         -0.3050   -2.6870    0.1170 H       1  LIG1        0.0657
     11  H          0.8390    2.2160   -0.1190 H       1  LIG1        0.0659
     12  H          2.1180   -1.9440    0.0060 H       1  LIG1        0.0657
     13  H         -2.4930    1.6320    0.9190 H       1  LIG1        0.0279
     14  H         -1.5910    2.7870   -0.0850 H       1  LIG1        0.0279
     15  H         -2.5890    1.5230   -0.8340 H       1  LIG1        0.0279
@<TRIPOS>BOND
     1    15     9    1
     2    11     6    1
     3     2     8    2
     4    14     9    1
     5     6     8    1
     6     6     4    2
     7     8     7    1
     8     4     9    1
     9     4     3    1
    10     9    13    1
    11    12     7    1
    12     7     5    2
    13     3     5    1
    14     3     1    2
    15     5    10    1
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: Atomic charge changed during conversion from pdb to mol2

Stefano Forli
Hi,
the PDB format doesn't support partial charges, so I suspect the one you write is not a standard one and will not be recognized by the OpenBabel parser.
Therefore, when generating the Mol2 file, the default charges (Gasteiger, I believe) will be assigned.

My advice would be to convert directly the MOPAC output (which is supported) into Mol2, and see if the proper charges are kept.

S


--

 Stefano Forli, PhD

 Assistant Professor of Integrative
 Structural and Computational Biology,
 Molecular Graphics Laboratory

 Dept. of Integrative Structural
  and Computational Biology, MB-112F
 The Scripps Research Institute
 10550  North Torrey Pines Road
 La Jolla,  CA 92037-1000,  USA.

    tel: +1 (858)784-2055
    fax: +1 (858)784-2860
    email: [hidden email]
    http://www.scripps.edu/~forli/
________________________________________
From: samdani [[hidden email]]
Sent: Saturday, August 06, 2016 1:07 AM
To: [hidden email]
Subject: [Open Babel] Atomic charge changed during conversion from pdb to       mol2

Dear open babel community

I used MOPAC to minimize the ligand and obtain the output in PDB format with
atomic charges. When I converted the PDB file to mol2 using babel the atomic
charges were found to be modified. Can anyone help me to preserve the
charges during conversion or any other mode of way to obtain the ligand
output with atomic charges preserved? Below am pasting the PDB file and mol2
file for reference.

The PDB file
ATOM      1  O   LIG A   1      -2.264  -1.020   0.122  1.00         -0.39
PROT O
ATOM      2  O   LIG A   1       2.796   0.538  -0.113  1.00      -0.39  PROT
O
ATOM      3  C   LIG A   1      -1.114  -0.659   0.066  1.00          0.41
PROT C
ATOM      4  C   LIG A   1      -0.751   0.792  -0.005  1.00          0.00
PROT C
ATOM      5  C   LIG A   1       0.001  -1.641   0.066  1.00         -0.22
PROT C
ATOM      6  C   LIG A   1       0.532   1.171  -0.065  1.00         -0.28
PROT C
ATOM      7  C   LIG A   1       1.275  -1.250   0.008  1.00         -0.20
PROT C
ATOM      8  C   LIG A   1       1.640   0.192  -0.062  1.00          0.43
PROT C
ATOM      9  C   LIG A   1      -1.893   1.734  -0.003  1.00         -0.45
PROT C
ATOM     10  H   LIG A   1      -0.305  -2.687   0.117  1.00          0.18
PROT H
ATOM     11  H   LIG A   1       0.839   2.216  -0.119  1.00          0.19
PROT H
ATOM     12  H   LIG A   1       2.118  -1.944   0.006  1.00          0.18
PROT H
ATOM     13  H   LIG A   1      -2.493   1.632   0.919  1.00          0.18
PROT H
ATOM     14  H   LIG A   1      -1.591   2.787  -0.085  1.00          0.16
PROT H
ATOM     15  H   LIG A   1      -2.589   1.523  -0.834  1.00          0.18
PROT H
END

Converted mol2 file using babel
@<TRIPOS>MOLECULE
A_lig1.pdb
 15 15 0 0 0
SMALL
GASTEIGER

@<TRIPOS>ATOM
      1  O         -2.2640   -1.0200    0.1220 O.2     1  LIG1       -0.2876
      2  O          2.7960    0.5380   -0.1130 O.2     1  LIG1       -0.2879
      3  C         -1.1140   -0.6590    0.0660 C.2     1  LIG1        0.1821
      4  C         -0.7510    0.7920   -0.0050 C.2     1  LIG1       -0.0002
      5  C          0.0010   -1.6410    0.0660 C.2     1  LIG1       -0.0111
      6  C          0.5320    1.1710   -0.0650 C.2     1  LIG1       -0.0084
      7  C          1.2750   -1.2500    0.0080 C.2     1  LIG1       -0.0113
      8  C          1.6400    0.1920   -0.0620 C.2     1  LIG1        0.1795
      9  C         -1.8930    1.7340   -0.0030 C.3     1  LIG1       -0.0360
     10  H         -0.3050   -2.6870    0.1170 H       1  LIG1        0.0657
     11  H          0.8390    2.2160   -0.1190 H       1  LIG1        0.0659
     12  H          2.1180   -1.9440    0.0060 H       1  LIG1        0.0657
     13  H         -2.4930    1.6320    0.9190 H       1  LIG1        0.0279
     14  H         -1.5910    2.7870   -0.0850 H       1  LIG1        0.0279
     15  H         -2.5890    1.5230   -0.8340 H       1  LIG1        0.0279
@<TRIPOS>BOND
     1    15     9    1
     2    11     6    1
     3     2     8    2
     4    14     9    1
     5     6     8    1
     6     6     4    2
     7     8     7    1
     8     4     9    1
     9     4     3    1
    10     9    13    1
    11    12     7    1
    12     7     5    2
    13     3     5    1
    14     3     1    2
    15     5    10    1



--
View this message in context: http://forums.openbabel.org/Atomic-charge-changed-during-conversion-from-pdb-to-mol2-tp4659430.html
Sent from the General discussion mailing list archive at Nabble.com.

------------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss


--


------------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: Atomic charge changed during conversion from pdb to mol2

Noel O'Boyle
Administrator

Are you perhaps thinking of the pdbqt format?


On 6 Aug 2016 5:20 p.m., "Stefano Forli" <[hidden email]> wrote:
Hi,
the PDB format doesn't support partial charges, so I suspect the one you write is not a standard one and will not be recognized by the OpenBabel parser.
Therefore, when generating the Mol2 file, the default charges (Gasteiger, I believe) will be assigned.

My advice would be to convert directly the MOPAC output (which is supported) into Mol2, and see if the proper charges are kept.

S


--

 Stefano Forli, PhD

 Assistant Professor of Integrative
 Structural and Computational Biology,
 Molecular Graphics Laboratory

 Dept. of Integrative Structural
  and Computational Biology, MB-112F
 The Scripps Research Institute
 10550  North Torrey Pines Road
 La Jolla,  CA 92037-1000,  USA.

    tel: +1 (858)784-2055
    fax: +1 (858)784-2860
    email: [hidden email]
    http://www.scripps.edu/~forli/
________________________________________
From: samdani [[hidden email]]
Sent: Saturday, August 06, 2016 1:07 AM
To: [hidden email]
Subject: [Open Babel] Atomic charge changed during conversion from pdb to       mol2

Dear open babel community

I used MOPAC to minimize the ligand and obtain the output in PDB format with
atomic charges. When I converted the PDB file to mol2 using babel the atomic
charges were found to be modified. Can anyone help me to preserve the
charges during conversion or any other mode of way to obtain the ligand
output with atomic charges preserved? Below am pasting the PDB file and mol2
file for reference.

The PDB file
ATOM      1  O   LIG A   1      -2.264  -1.020   0.122  1.00         -0.39
PROT O
ATOM      2  O   LIG A   1       2.796   0.538  -0.113  1.00      -0.39  PROT
O
ATOM      3  C   LIG A   1      -1.114  -0.659   0.066  1.00          0.41
PROT C
ATOM      4  C   LIG A   1      -0.751   0.792  -0.005  1.00          0.00
PROT C
ATOM      5  C   LIG A   1       0.001  -1.641   0.066  1.00         -0.22
PROT C
ATOM      6  C   LIG A   1       0.532   1.171  -0.065  1.00         -0.28
PROT C
ATOM      7  C   LIG A   1       1.275  -1.250   0.008  1.00         -0.20
PROT C
ATOM      8  C   LIG A   1       1.640   0.192  -0.062  1.00          0.43
PROT C
ATOM      9  C   LIG A   1      -1.893   1.734  -0.003  1.00         -0.45
PROT C
ATOM     10  H   LIG A   1      -0.305  -2.687   0.117  1.00          0.18
PROT H
ATOM     11  H   LIG A   1       0.839   2.216  -0.119  1.00          0.19
PROT H
ATOM     12  H   LIG A   1       2.118  -1.944   0.006  1.00          0.18
PROT H
ATOM     13  H   LIG A   1      -2.493   1.632   0.919  1.00          0.18
PROT H
ATOM     14  H   LIG A   1      -1.591   2.787  -0.085  1.00          0.16
PROT H
ATOM     15  H   LIG A   1      -2.589   1.523  -0.834  1.00          0.18
PROT H
END

Converted mol2 file using babel
@<TRIPOS>MOLECULE
A_lig1.pdb
 15 15 0 0 0
SMALL
GASTEIGER

@<TRIPOS>ATOM
      1  O         -2.2640   -1.0200    0.1220 O.2     1  LIG1       -0.2876
      2  O          2.7960    0.5380   -0.1130 O.2     1  LIG1       -0.2879
      3  C         -1.1140   -0.6590    0.0660 C.2     1  LIG1        0.1821
      4  C         -0.7510    0.7920   -0.0050 C.2     1  LIG1       -0.0002
      5  C          0.0010   -1.6410    0.0660 C.2     1  LIG1       -0.0111
      6  C          0.5320    1.1710   -0.0650 C.2     1  LIG1       -0.0084
      7  C          1.2750   -1.2500    0.0080 C.2     1  LIG1       -0.0113
      8  C          1.6400    0.1920   -0.0620 C.2     1  LIG1        0.1795
      9  C         -1.8930    1.7340   -0.0030 C.3     1  LIG1       -0.0360
     10  H         -0.3050   -2.6870    0.1170 H       1  LIG1        0.0657
     11  H          0.8390    2.2160   -0.1190 H       1  LIG1        0.0659
     12  H          2.1180   -1.9440    0.0060 H       1  LIG1        0.0657
     13  H         -2.4930    1.6320    0.9190 H       1  LIG1        0.0279
     14  H         -1.5910    2.7870   -0.0850 H       1  LIG1        0.0279
     15  H         -2.5890    1.5230   -0.8340 H       1  LIG1        0.0279
@<TRIPOS>BOND
     1    15     9    1
     2    11     6    1
     3     2     8    2
     4    14     9    1
     5     6     8    1
     6     6     4    2
     7     8     7    1
     8     4     9    1
     9     4     3    1
    10     9    13    1
    11    12     7    1
    12     7     5    2
    13     3     5    1
    14     3     1    2
    15     5    10    1



--
View this message in context: http://forums.openbabel.org/Atomic-charge-changed-during-conversion-from-pdb-to-mol2-tp4659430.html
Sent from the General discussion mailing list archive at Nabble.com.

------------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss


--


------------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss

------------------------------------------------------------------------------
What NetFlow Analyzer can do for you? Monitors network bandwidth and traffic
patterns at an interface-level. Reveals which users, apps, and protocols are
consuming the most bandwidth. Provides multi-vendor support for NetFlow,
J-Flow, sFlow and other flows. Make informed decisions using capacity
planning reports. http://sdm.link/zohodev2dev
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss
Loading...