Cannot understand the element label Du.

Previous Topic Next Topic
 
classic Classic list List threaded Threaded
4 messages Options
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Cannot understand the element label Du.

jrhaulung
Dear all:
   When using the babel to covert a mol2 dataset to pdbqt dataset, the program was crashed in the middle when encountering a compound for some reason (showed in below). The error message shows that "**** Open Babel Warning in OpenBabel ::OBElementTable::GetAtomicNum  Cannot understand the element label Du." Can anyone could give me a help....Thanks a lot.

sincerely,
Jrhau

@<TRIPOS>MOLECULE
105
 167 178 0 0 0
SMALL
GASTEIGER
****

@<TRIPOS>ATOM
      1 C           3.3930    1.2210   -1.1580 C.3     1  LIG1        0.0865
      2 C           3.9900   -0.1800   -0.8070 C.3     1  LIG1        0.0956
      3 C           2.9670   -1.2870   -0.3910 C.3     1  LIG1        0.0231
      4 C           1.6720   -1.2730   -1.2660 C.3     1  LIG1       -0.0245
      5 C           1.0780    0.1540   -1.5900 C.3     1  LIG1       -0.0129
      6 C           1.8590    1.3480   -0.8770 C.3     1  LIG1        0.0079
      7 C           0.6620   -2.3480   -0.7730 C.3     1  LIG1       -0.0485
      8 C          -0.6760   -1.8090   -0.2360 C.3     1  LIG1       -0.0462
      9 C          -1.3970   -0.8950   -1.2620 C.3     1  LIG1       -0.0188
     10 C          -0.5140    0.3130   -1.7030 C.3     1  LIG1       -0.0248
     11 C          -2.8670   -0.3810   -0.8650 C.3     1  LIG1        0.0020
     12 C          -3.3790    0.4020   -2.1000 C.2     1  LIG1       -0.0625
     13 C          -2.5630    0.9080   -3.0530 C.2     1  LIG1       -0.0836
     14 C          -1.0640    0.8240   -3.0430 C.3     1  LIG1       -0.0306
     15 C          -3.8200   -1.6210   -0.6170 C.3     1  LIG1       -0.0206
     16 C          -5.3010   -1.5720   -1.1000 C.3     1  LIG1       -0.0102
     17 C          -5.8710   -0.1620   -1.4530 C.3     1  LIG1        0.0212
     18 C          -4.8580    0.6760   -2.3010 C.3     1  LIG1       -0.0077
     19 C          -6.4060    0.5490   -0.1500 C.3     1  LIG1       -0.0408
     20 C          -6.3260    2.0800   -0.1290 C.3     1  LIG1       -0.0447
     21 C          -6.3400    2.7170   -1.5190 C.3     1  LIG1       -0.0083
     22 C          -5.1110    2.2090   -2.2910 C.3     1  LIG1       -0.0381
     23 C          -6.2360    4.2290   -1.3630 C.3     1  LIG1       -0.0575
     24 C          -7.6410    2.4220   -2.2640 C.3     1  LIG1        0.0496
     25 O          -8.5120    3.5160   -2.0780 O.3     1  LIG1       -0.3945
     26 C          -7.1110   -0.3360   -2.3030 C.2     1  LIG1        0.0488
     27 O          -7.0880   -0.1130   -3.4920 O.co2   1  LIG1       -0.5492
     28 O          -8.1230   -0.7110   -1.7110 O.co2   1  LIG1       -0.5492
     29 C          -1.5140   -1.8160   -2.5000 C.3     1  LIG1       -0.0585
     30 C           1.5530    0.3280   -3.0530 C.3     1  LIG1       -0.0345
     31 C           3.6600   -2.6470   -0.5550 C.3     1  LIG1       -0.0547
     32 C           2.5660   -1.2270    1.0860 C.3     1  LIG1        0.0523
     33 O           4.1070    2.3130   -0.6020 O.3     1  LIG1       -0.3889
     34 C          -2.9840    0.6540    0.3150 C.3     1  LIG1       -0.0320
     35 O           3.7400   -1.0940    1.8560 O.3     1  LIG1       -0.3944
     36 O           5.0270   -0.1230    0.1620 O.3     1  LIG1       -0.3423
     37 C           8.6880   -0.2680   -1.8530 C.3     1  LIG1        0.1069
     38 C           8.7910   -0.0450   -0.3280 C.3     1  LIG1        0.1137
     39 C           7.4550    0.4470   -2.4390 C.3     1  LIG1        0.0792
     40 O           6.2850    0.0200   -1.7580 O.3     1  LIG1       -0.3461
     41 C           6.2620    0.3160   -0.3670 C.3     1  LIG1        0.1879
     42 C           7.4430   -0.3950    0.3440 C.3     1  LIG1        0.1341
     43 O           7.4790    0.0000    1.7050 O.3     1  LIG1       -0.3841
     44 O           9.8400    0.2340   -2.5020 O.3     1  LIG1       -0.3869
     45 O           9.8220   -0.8610    0.2050 O.3     1  LIG1       -0.3864
     46 H           3.5700    1.3690   -2.2270 H       1  LIG1        0.0623
     47 H           4.5000   -0.5270   -1.7070 H       1  LIG1        0.0629
     48 H           2.0140   -1.7320   -2.1990 H       1  LIG1        0.0313
     49 H           1.5450    2.2250   -1.4370 H       1  LIG1        0.0344
     50 H           1.1040   -2.9860   -0.0080 H       1  LIG1        0.0268
     51 H           0.4530   -3.0450   -1.5900 H       1  LIG1        0.0268
     52 H          -0.4880   -1.3750    0.7340 H       1  LIG1        0.0271
     53 H          -1.2830   -2.6910   -0.0370 H       1  LIG1        0.0271
     54 H          -0.7660    1.1700   -1.1050 H       1  LIG1        0.0315
     55 H          -3.0020    1.4260   -3.8890 H       1  LIG1        0.0572
     56 H          -0.6480    1.7970   -3.2640 H       1  LIG1        0.0310
     57 H          -0.7680    0.1780   -3.8630 H       1  LIG1        0.0310
     58 H          -3.3650   -2.4040   -1.2150 H       1  LIG1        0.0316
     59 H          -5.9710   -1.8850   -0.2890 H       1  LIG1        0.0328
     60 H          -5.0430    0.3650   -3.3340 H       1  LIG1        0.0355
     61 H          -7.4590    0.2850    0.0040 H       1  LIG1        0.0275
     62 H          -5.9610    0.1520    0.7640 H       1  LIG1        0.0275
     63 H          -5.4180    2.3830    0.3890 H       1  LIG1        0.0272
     64 H          -7.1470    2.4810    0.4690 H       1  LIG1        0.0272
     65 H          -4.2420    2.7070   -1.8610 H       1  LIG1        0.0277
     66 H          -5.1520    2.5840   -3.3180 H       1  LIG1        0.0277
     67 H          -7.0900    4.6170   -0.8090 H       1  LIG1        0.0236
     68 H          -5.3180    4.5000   -0.8440 H       1  LIG1        0.0236
     69 H          -6.2250    4.7150   -2.3380 H       1  LIG1        0.0236
     70 H          -8.1230    1.5330   -1.8590 H       1  LIG1        0.0562
     71 H          -7.4570    2.3130   -3.3320 H       1  LIG1        0.0562
     72 H          -9.3360    3.3070   -2.5470 H       1  LIG1        0.2094
     73 H          -2.4060   -2.4390   -2.4590 H       1  LIG1        0.0235
     74 H          -0.6500   -2.4770   -2.5700 H       1  LIG1        0.0235
     75 H          -1.5610   -1.2270   -3.4160 H       1  LIG1        0.0235
     76 H           1.3590    1.3420   -3.3730 H       1  LIG1        0.0306
     77 H           4.5470   -2.7270    0.0720 H       1  LIG1        0.0237
     78 H           3.9670   -2.7990   -1.5900 H       1  LIG1        0.0237
     79 H           2.9840   -3.4570   -0.2830 H       1  LIG1        0.0237
     80 H           2.0660   -2.1470    1.3870 H       1  LIG1        0.0563
     81 H           1.9340   -0.3610    1.2790 H       1  LIG1        0.0563
     82 H           3.8560    3.1060   -1.1030 H       1  LIG1        0.2099
     83 H          -4.0140    0.6910    0.6290 H       1  LIG1        0.0283
     84 H          -2.8180    1.6600   -0.0700 H       1  LIG1        0.0283
     85 H           3.4730   -1.0940    2.7870 H       1  LIG1        0.2094
     86 H           8.6250   -1.3340   -2.0780 H       1  LIG1        0.0643
     87 H           9.0510    0.9960   -0.1230 H       1  LIG1        0.0647
     88 H           7.5310    1.5330   -2.3480 H       1  LIG1        0.0587
     89 H           7.3280    0.2110   -3.4960 H       1  LIG1        0.0587
     90 H           6.3150    1.4000   -0.2460 H       1  LIG1        0.0937
     91 H           7.2870   -1.4770    0.3200 H       1  LIG1        0.0671
     92 H           6.6450   -0.2870    2.1080 H       1  LIG1        0.2101
     93 H           9.7350    0.0590   -3.4510 H       1  LIG1        0.2100
     94 H          10.6450   -0.6130   -0.2440 H       1  LIG1        0.2100
     95 C           1.5920    1.7500    0.6290 C.3     1  LIG1        0.0317
     96 O           3.8770    4.5630    2.7620 O.2     1  LIG1       -0.2754
     97 C           3.4060    3.4530    2.6620 C.2     1  LIG1        0.2189
     98 H           1.9920    3.4490    4.2540 H       1  LIG1        0.1490
     99 N           2.4080    2.9450    3.4980 N.am    1  LIG1       -0.3111
    100 C           2.6110    1.3810    1.6930 C.3     1  LIG1        0.0053
    101 C           2.0660    1.5820    3.1190 C.3     1  LIG1        0.0385
    102 C           3.7680    2.3980    1.6500 C.3     1  LIG1        0.0642
    103 H           2.9470    0.3690    1.5270 H       1  LIG1        0.0339
    104 H           2.5960    0.9220    3.7910 H       1  LIG1        0.0509
    105 H           3.8670    2.8480    0.6740 H       1  LIG1        0.0420
    106 H           1.5820    2.8400    0.6470 H       1  LIG1        0.0440
    107 C           0.5720    1.2950    3.2460 C.3     1  LIG1        0.0475
    108 N          -0.1350   -0.9880    4.0390 N.ar    1  LIG1       -0.2405
    109 H          -0.0210   -2.9570    1.5180 H       1  LIG1        0.1662
    110 N           0.0120   -2.1930    2.1500 N.ar    1  LIG1       -0.3506
    111 C          -0.2930   -2.2190    3.4790 C.ar    1  LIG1        0.0936
    112 C           0.3690   -0.9220    1.8710 C.ar    1  LIG1        0.0247
    113 C           0.2770   -0.1760    3.0430 C.ar    1  LIG1        0.0661
    114 H          -0.6170   -3.1000    4.0160 H       1  LIG1        0.1027
    115 H           0.6700   -0.5800    0.8890 H       1  LIG1        0.0825
    116 H           0.0160    1.7770    2.4420 H       1  LIG1        0.0408
    117 C           0.0740    1.7750    4.6100 C.3     1  LIG1        0.0688
    118 H          -1.0410    0.8440    8.2660 H       1  LIG1        0.1206
    119 N          -0.7890    0.6540    7.2850 N.3     1  LIG1       -0.3059
    120 H          -0.9590   -0.3440    7.0960 H       1  LIG1        0.1206
    121 C          -1.3090    1.2290    4.9590 C.3     1  LIG1        0.0133
    122 C          -1.6700    1.4340    6.4320 C.3     1  LIG1        0.1061
    123 H           0.0700    2.8650    4.6150 H       1  LIG1        0.0602
    124 H          -1.3890    0.1760    4.6880 H       1  LIG1        0.0328
    125 H          -2.0700    1.6620    4.3130 H       1  LIG1        0.0328
    126 H          -2.7050    1.1470    6.6170 H       1  LIG1        0.0763
    127 C           5.0820    1.7170    2.0180 C.3     1  LIG1        0.0556
    128 H           6.5610    2.0610    3.2130 H       1  LIG1        0.2094
    129 O           5.7560    2.5330    2.9490 O.3     1  LIG1       -0.3942
    130 H           5.7190    1.6090    1.1390 H       1  LIG1        0.0565
    131 H           4.8990    0.7500    2.4840 H       1  LIG1        0.0565
    132 O          -1.4920    2.7970    6.7420 O.3     1  LIG1       -0.3775
    133 H          -1.6640    2.8980    7.6920 H       1  LIG1        0.2114
    134 C          -3.8400   -2.2580    0.7810 C.3     1  LIG1       -0.0052
    135 N          -5.1020   -5.7720    0.1090 N.ar    1  LIG1       -0.2212
    136 H          -3.9100   -4.3010    2.7290 H       1  LIG1        0.1665
    137 N          -4.2400   -4.5390    1.8150 N.ar    1  LIG1       -0.3466
    138 C          -4.6800   -5.7790    1.4100 C.ar    1  LIG1        0.0957
    139 C          -4.3400   -3.7190    0.7360 C.ar    1  LIG1        0.0575
    140 C          -4.9240   -4.4900   -0.2750 C.ar    1  LIG1        0.1398
    141 H          -4.6900   -6.6580    2.0490 H       1  LIG1        0.1027
    142 H          -2.8540   -2.2810    1.2320 H       1  LIG1        0.0332
    143 H          -4.4730   -1.6880    1.4590 H       1  LIG1        0.0332
    144 C          -5.5040   -2.6820   -2.1660 C.3     1  LIG1        0.0145
    145 N          -5.3440   -4.0720   -1.6430 N.pl3   1  LIG1       -0.3274
    146 H          -5.5980   -4.7950   -2.2870 H       1  LIG1        0.1475
    147 H          -6.5020   -2.6450   -2.6000 H       1  LIG1        0.0465
    148 H          -4.8130   -2.5350   -2.9960 H       1  LIG1        0.0465
    149 O           0.9840    1.3340    5.5920 O.3     1  LIG1       -0.3909
    150 H           1.8540    1.6970    5.3600 H       1  LIG1        0.2098
    151 C           3.0470    0.0160   -3.1740 C.3     1  LIG1       -0.0497
    152 C           0.8480   -0.6820   -3.9710 C.3     1  LIG1       -0.0497
    153 C           3.0840   -1.4200   -3.6740 C.3     1  LIG1       -0.0528
    154 C           1.9710   -1.4020   -4.7110 C.3     1  LIG1       -0.0528
    155 H           4.0410   -1.6860   -4.1020 H       1  LIG1        0.0265
    156 H           2.8610   -2.1150   -2.8750 H       1  LIG1        0.0265
    157 H           3.5040    0.6700   -3.9040 H       1  LIG1        0.0268
    158 H           3.5860    0.1430   -2.2460 H       1  LIG1        0.0268
    159 H           0.2730   -1.3980   -3.3980 H       1  LIG1        0.0268
    160 H           0.1680   -0.1990   -4.6560 H       1  LIG1        0.0268
    161 H           2.2720   -0.8460   -5.5880 H       1  LIG1        0.0265
    162 H           1.6820   -2.3950   -5.0250 H       1  LIG1        0.0265
    163 C          -2.1640    0.5270    1.6230 C.3     1  LIG1        0.0100
    164 C           0.2710    1.3380    1.0680 C.1     1  LIG1       -0.0981
    165 C          -0.8140    0.9790    1.3560 C.1     1  LIG1       -0.1019
    166 H          -2.5980    1.1600    2.3950 H       1  LIG1        0.0398
    167 H          -2.1500   -0.4880    2.0180 H       1  LIG1        0.0398
@<TRIPOS>BOND
     1     1     2    1
     2     1     6    1
     3     1    33    1
     4     1    46    1
     5     2     3    1
     6     2    36    1
     7     2    47    1
     8     3     4    1
     9     3    31    1
    10     3    32    1
    11     4     5    1
    12     4     7    1
    13     4    48    1
    14     5     6    1
    15     5    10    1
    16     5    30    1
    17     6    49    1
    18     6    95    1
    19     7     8    1
    20     7    50    1
    21     7    51    1
    22     8     9    1
    23     8    52    1
    24     8    53    1
    25     9    10    1
    26     9    11    1
    27     9    29    1
    28    10    14    1
    29    10    54    1
    30    11    12    1
    31    11    15    1
    32    11    34    1
    33    12    13    2
    34    12    18    1
    35    13    14    1
    36    13    55    1
    37    14    56    1
    38    14    57    1
    39    15    16    1
    40    15    58    1
    41    15   134    1
    42    16    17    1
    43    16    59    1
    44    16   144    1
    45    17    18    1
    46    17    19    1
    47    17    26    1
    48    18    22    1
    49    18    60    1
    50    19    20    1
    51    19    61    1
    52    19    62    1
    53    20    21    1
    54    20    63    1
    55    20    64    1
    56    21    22    1
    57    21    23    1
    58    21    24    1
    59    22    65    1
    60    22    66    1
    61    23    67    1
    62    23    68    1
    63    23    69    1
    64    24    25    1
    65    24    70    1
    66    24    71    1
    67    25    72    1
    68    26    27   ar
    69    26    28   ar
    70    29    73    1
    71    29    74    1
    72    29    75    1
    73    30    76    1
    74    30   151    1
    75    30   152    1
    76    31    77    1
    77    31    78    1
    78    31    79    1
    79    32    35    1
    80    32    80    1
    81    32    81    1
    82    33    82    1
    83    34    83    1
    84    34    84    1
    85    34   163    1
    86    35    85    1
    87    36    41    1
    88    37    38    1
    89    37    39    1
    90    37    44    1
    91    37    86    1
    92    38    42    1
    93    38    45    1
    94    38    87    1
    95    39    40    1
    96    39    88    1
    97    39    89    1
    98    40    41    1
    99    41    42    1
   100    41    90    1
   101    42    43    1
   102    42    91    1
   103    43    92    1
   104    44    93    1
   105    45    94    1
   106    95   100    1
   107    95   106    1
   108    95   164    1
   109    96    97    2
   110    97    99   am
   111    97   102    1
   112    98    99    1
   113    99   101    1
   114   100   101    1
   115   100   102    1
   116   100   103    1
   117   101   104    1
   118   101   107    1
   119   102   105    1
   120   102   127    1
   121   107   113    1
   122   107   116    1
   123   107   117    1
   124   108   111   ar
   125   108   113   ar
   126   109   110    1
   127   110   111   ar
   128   110   112   ar
   129   111   114    1
   130   112   113   ar
   131   112   115    1
   132   117   121    1
   133   117   123    1
   134   117   149    1
   135   118   119    1
   136   119   120    1
   137   119   122    1
   138   121   122    1
   139   121   124    1
   140   121   125    1
   141   122   126    1
   142   122   132    1
   143   127   129    1
   144   127   130    1
   145   127   131    1
   146   128   129    1
   147   132   133    1
   148   134   139    1
   149   134   142    1
   150   134   143    1
   151   135   138   ar
   152   135   140   ar
   153   136   137    1
   154   137   138   ar
   155   137   139   ar
   156   138   141    1
   157   139   140   ar
   158   140   145    1
   159   144   145    1
   160   144   147    1
   161   144   148    1
   162   145   146    1
   163   149   150    1
   164   151   153    1
   165   151   157    1
   166   151   158    1
   167   152   154    1
   168   152   159    1
   169   152   160    1
   170   153   154    1
   171   153   155    1
   172   153   156    1
   173   154   161    1
   174   154   162    1
   175   163   165    1
   176   163   166    1
   177   163   167    1
   178   164   165    3
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: Cannot understand the element label Du.

Pascal Muller-3
Hi,

"Du" stands for Dummy atom. It has of course no associated atomic number. Either edit the molecules containing Du atoms by deleting them or changing Du to a valid atom type, or do not convert these molecules at all.

I guess that, perhaps, obabel could just skip the molecules containing Du atoms in a future version?
I think that Du atom can occur only in mol2 format.

Regards,
Pascal

2016-07-21 15:12 GMT+02:00 jrhaulung <[hidden email]>:
Dear all:
   When using the babel to covert a mol2 dataset to pdbqt dataset, the
program was crashed in the middle when encountering a compound for some
reason (showed in below). The error message shows that "**** Open Babel
Warning in OpenBabel ::OBElementTable::GetAtomicNum  Cannot understand the
element label Du." Can anyone could give me a help....Thanks a lot.

sincerely,
Jrhau

@<TRIPOS>MOLECULE
105
 167 178 0 0 0
SMALL
GASTEIGER
****

@<TRIPOS>ATOM
      1 C           3.3930    1.2210   -1.1580 C.3     1  LIG1        0.0865
      2 C           3.9900   -0.1800   -0.8070 C.3     1  LIG1        0.0956
      3 C           2.9670   -1.2870   -0.3910 C.3     1  LIG1        0.0231
      4 C           1.6720   -1.2730   -1.2660 C.3     1  LIG1       -0.0245
      5 C           1.0780    0.1540   -1.5900 C.3     1  LIG1       -0.0129
      6 C           1.8590    1.3480   -0.8770 C.3     1  LIG1        0.0079
      7 C           0.6620   -2.3480   -0.7730 C.3     1  LIG1       -0.0485
      8 C          -0.6760   -1.8090   -0.2360 C.3     1  LIG1       -0.0462
      9 C          -1.3970   -0.8950   -1.2620 C.3     1  LIG1       -0.0188
     10 C          -0.5140    0.3130   -1.7030 C.3     1  LIG1       -0.0248
     11 C          -2.8670   -0.3810   -0.8650 C.3     1  LIG1        0.0020
     12 C          -3.3790    0.4020   -2.1000 C.2     1  LIG1       -0.0625
     13 C          -2.5630    0.9080   -3.0530 C.2     1  LIG1       -0.0836
     14 C          -1.0640    0.8240   -3.0430 C.3     1  LIG1       -0.0306
     15 C          -3.8200   -1.6210   -0.6170 C.3     1  LIG1       -0.0206
     16 C          -5.3010   -1.5720   -1.1000 C.3     1  LIG1       -0.0102
     17 C          -5.8710   -0.1620   -1.4530 C.3     1  LIG1        0.0212
     18 C          -4.8580    0.6760   -2.3010 C.3     1  LIG1       -0.0077
     19 C          -6.4060    0.5490   -0.1500 C.3     1  LIG1       -0.0408
     20 C          -6.3260    2.0800   -0.1290 C.3     1  LIG1       -0.0447
     21 C          -6.3400    2.7170   -1.5190 C.3     1  LIG1       -0.0083
     22 C          -5.1110    2.2090   -2.2910 C.3     1  LIG1       -0.0381
     23 C          -6.2360    4.2290   -1.3630 C.3     1  LIG1       -0.0575
     24 C          -7.6410    2.4220   -2.2640 C.3     1  LIG1        0.0496
     25 O          -8.5120    3.5160   -2.0780 O.3     1  LIG1       -0.3945
     26 C          -7.1110   -0.3360   -2.3030 C.2     1  LIG1        0.0488
     27 O          -7.0880   -0.1130   -3.4920 O.co2   1  LIG1       -0.5492
     28 O          -8.1230   -0.7110   -1.7110 O.co2   1  LIG1       -0.5492
     29 C          -1.5140   -1.8160   -2.5000 C.3     1  LIG1       -0.0585
     30 C           1.5530    0.3280   -3.0530 C.3     1  LIG1       -0.0345
     31 C           3.6600   -2.6470   -0.5550 C.3     1  LIG1       -0.0547
     32 C           2.5660   -1.2270    1.0860 C.3     1  LIG1        0.0523
     33 O           4.1070    2.3130   -0.6020 O.3     1  LIG1       -0.3889
     34 C          -2.9840    0.6540    0.3150 C.3     1  LIG1       -0.0320
     35 O           3.7400   -1.0940    1.8560 O.3     1  LIG1       -0.3944
     36 O           5.0270   -0.1230    0.1620 O.3     1  LIG1       -0.3423
     37 C           8.6880   -0.2680   -1.8530 C.3     1  LIG1        0.1069
     38 C           8.7910   -0.0450   -0.3280 C.3     1  LIG1        0.1137
     39 C           7.4550    0.4470   -2.4390 C.3     1  LIG1        0.0792
     40 O           6.2850    0.0200   -1.7580 O.3     1  LIG1       -0.3461
     41 C           6.2620    0.3160   -0.3670 C.3     1  LIG1        0.1879
     42 C           7.4430   -0.3950    0.3440 C.3     1  LIG1        0.1341
     43 O           7.4790    0.0000    1.7050 O.3     1  LIG1       -0.3841
     44 O           9.8400    0.2340   -2.5020 O.3     1  LIG1       -0.3869
     45 O           9.8220   -0.8610    0.2050 O.3     1  LIG1       -0.3864
     46 H           3.5700    1.3690   -2.2270 H       1  LIG1        0.0623
     47 H           4.5000   -0.5270   -1.7070 H       1  LIG1        0.0629
     48 H           2.0140   -1.7320   -2.1990 H       1  LIG1        0.0313
     49 H           1.5450    2.2250   -1.4370 H       1  LIG1        0.0344
     50 H           1.1040   -2.9860   -0.0080 H       1  LIG1        0.0268
     51 H           0.4530   -3.0450   -1.5900 H       1  LIG1        0.0268
     52 H          -0.4880   -1.3750    0.7340 H       1  LIG1        0.0271
     53 H          -1.2830   -2.6910   -0.0370 H       1  LIG1        0.0271
     54 H          -0.7660    1.1700   -1.1050 H       1  LIG1        0.0315
     55 H          -3.0020    1.4260   -3.8890 H       1  LIG1        0.0572
     56 H          -0.6480    1.7970   -3.2640 H       1  LIG1        0.0310
     57 H          -0.7680    0.1780   -3.8630 H       1  LIG1        0.0310
     58 H          -3.3650   -2.4040   -1.2150 H       1  LIG1        0.0316
     59 H          -5.9710   -1.8850   -0.2890 H       1  LIG1        0.0328
     60 H          -5.0430    0.3650   -3.3340 H       1  LIG1        0.0355
     61 H          -7.4590    0.2850    0.0040 H       1  LIG1        0.0275
     62 H          -5.9610    0.1520    0.7640 H       1  LIG1        0.0275
     63 H          -5.4180    2.3830    0.3890 H       1  LIG1        0.0272
     64 H          -7.1470    2.4810    0.4690 H       1  LIG1        0.0272
     65 H          -4.2420    2.7070   -1.8610 H       1  LIG1        0.0277
     66 H          -5.1520    2.5840   -3.3180 H       1  LIG1        0.0277
     67 H          -7.0900    4.6170   -0.8090 H       1  LIG1        0.0236
     68 H          -5.3180    4.5000   -0.8440 H       1  LIG1        0.0236
     69 H          -6.2250    4.7150   -2.3380 H       1  LIG1        0.0236
     70 H          -8.1230    1.5330   -1.8590 H       1  LIG1        0.0562
     71 H          -7.4570    2.3130   -3.3320 H       1  LIG1        0.0562
     72 H          -9.3360    3.3070   -2.5470 H       1  LIG1        0.2094
     73 H          -2.4060   -2.4390   -2.4590 H       1  LIG1        0.0235
     74 H          -0.6500   -2.4770   -2.5700 H       1  LIG1        0.0235
     75 H          -1.5610   -1.2270   -3.4160 H       1  LIG1        0.0235
     76 H           1.3590    1.3420   -3.3730 H       1  LIG1        0.0306
     77 H           4.5470   -2.7270    0.0720 H       1  LIG1        0.0237
     78 H           3.9670   -2.7990   -1.5900 H       1  LIG1        0.0237
     79 H           2.9840   -3.4570   -0.2830 H       1  LIG1        0.0237
     80 H           2.0660   -2.1470    1.3870 H       1  LIG1        0.0563
     81 H           1.9340   -0.3610    1.2790 H       1  LIG1        0.0563
     82 H           3.8560    3.1060   -1.1030 H       1  LIG1        0.2099
     83 H          -4.0140    0.6910    0.6290 H       1  LIG1        0.0283
     84 H          -2.8180    1.6600   -0.0700 H       1  LIG1        0.0283
     85 H           3.4730   -1.0940    2.7870 H       1  LIG1        0.2094
     86 H           8.6250   -1.3340   -2.0780 H       1  LIG1        0.0643
     87 H           9.0510    0.9960   -0.1230 H       1  LIG1        0.0647
     88 H           7.5310    1.5330   -2.3480 H       1  LIG1        0.0587
     89 H           7.3280    0.2110   -3.4960 H       1  LIG1        0.0587
     90 H           6.3150    1.4000   -0.2460 H       1  LIG1        0.0937
     91 H           7.2870   -1.4770    0.3200 H       1  LIG1        0.0671
     92 H           6.6450   -0.2870    2.1080 H       1  LIG1        0.2101
     93 H           9.7350    0.0590   -3.4510 H       1  LIG1        0.2100
     94 H          10.6450   -0.6130   -0.2440 H       1  LIG1        0.2100
     95 C           1.5920    1.7500    0.6290 C.3     1  LIG1        0.0317
     96 O           3.8770    4.5630    2.7620 O.2     1  LIG1       -0.2754
     97 C           3.4060    3.4530    2.6620 C.2     1  LIG1        0.2189
     98 H           1.9920    3.4490    4.2540 H       1  LIG1        0.1490
     99 N           2.4080    2.9450    3.4980 N.am    1  LIG1       -0.3111
    100 C           2.6110    1.3810    1.6930 C.3     1  LIG1        0.0053
    101 C           2.0660    1.5820    3.1190 C.3     1  LIG1        0.0385
    102 C           3.7680    2.3980    1.6500 C.3     1  LIG1        0.0642
    103 H           2.9470    0.3690    1.5270 H       1  LIG1        0.0339
    104 H           2.5960    0.9220    3.7910 H       1  LIG1        0.0509
    105 H           3.8670    2.8480    0.6740 H       1  LIG1        0.0420
    106 H           1.5820    2.8400    0.6470 H       1  LIG1        0.0440
    107 C           0.5720    1.2950    3.2460 C.3     1  LIG1        0.0475
    108 N          -0.1350   -0.9880    4.0390 N.ar    1  LIG1       -0.2405
    109 H          -0.0210   -2.9570    1.5180 H       1  LIG1        0.1662
    110 N           0.0120   -2.1930    2.1500 N.ar    1  LIG1       -0.3506
    111 C          -0.2930   -2.2190    3.4790 C.ar    1  LIG1        0.0936
    112 C           0.3690   -0.9220    1.8710 C.ar    1  LIG1        0.0247
    113 C           0.2770   -0.1760    3.0430 C.ar    1  LIG1        0.0661
    114 H          -0.6170   -3.1000    4.0160 H       1  LIG1        0.1027
    115 H           0.6700   -0.5800    0.8890 H       1  LIG1        0.0825
    116 H           0.0160    1.7770    2.4420 H       1  LIG1        0.0408
    117 C           0.0740    1.7750    4.6100 C.3     1  LIG1        0.0688
    118 H          -1.0410    0.8440    8.2660 H       1  LIG1        0.1206
    119 N          -0.7890    0.6540    7.2850 N.3     1  LIG1       -0.3059
    120 H          -0.9590   -0.3440    7.0960 H       1  LIG1        0.1206
    121 C          -1.3090    1.2290    4.9590 C.3     1  LIG1        0.0133
    122 C          -1.6700    1.4340    6.4320 C.3     1  LIG1        0.1061
    123 H           0.0700    2.8650    4.6150 H       1  LIG1        0.0602
    124 H          -1.3890    0.1760    4.6880 H       1  LIG1        0.0328
    125 H          -2.0700    1.6620    4.3130 H       1  LIG1        0.0328
    126 H          -2.7050    1.1470    6.6170 H       1  LIG1        0.0763
    127 C           5.0820    1.7170    2.0180 C.3     1  LIG1        0.0556
    128 H           6.5610    2.0610    3.2130 H       1  LIG1        0.2094
    129 O           5.7560    2.5330    2.9490 O.3     1  LIG1       -0.3942
    130 H           5.7190    1.6090    1.1390 H       1  LIG1        0.0565
    131 H           4.8990    0.7500    2.4840 H       1  LIG1        0.0565
    132 O          -1.4920    2.7970    6.7420 O.3     1  LIG1       -0.3775
    133 H          -1.6640    2.8980    7.6920 H       1  LIG1        0.2114
    134 C          -3.8400   -2.2580    0.7810 C.3     1  LIG1       -0.0052
    135 N          -5.1020   -5.7720    0.1090 N.ar    1  LIG1       -0.2212
    136 H          -3.9100   -4.3010    2.7290 H       1  LIG1        0.1665
    137 N          -4.2400   -4.5390    1.8150 N.ar    1  LIG1       -0.3466
    138 C          -4.6800   -5.7790    1.4100 C.ar    1  LIG1        0.0957
    139 C          -4.3400   -3.7190    0.7360 C.ar    1  LIG1        0.0575
    140 C          -4.9240   -4.4900   -0.2750 C.ar    1  LIG1        0.1398
    141 H          -4.6900   -6.6580    2.0490 H       1  LIG1        0.1027
    142 H          -2.8540   -2.2810    1.2320 H       1  LIG1        0.0332
    143 H          -4.4730   -1.6880    1.4590 H       1  LIG1        0.0332
    144 C          -5.5040   -2.6820   -2.1660 C.3     1  LIG1        0.0145
    145 N          -5.3440   -4.0720   -1.6430 N.pl3   1  LIG1       -0.3274
    146 H          -5.5980   -4.7950   -2.2870 H       1  LIG1        0.1475
    147 H          -6.5020   -2.6450   -2.6000 H       1  LIG1        0.0465
    148 H          -4.8130   -2.5350   -2.9960 H       1  LIG1        0.0465
    149 O           0.9840    1.3340    5.5920 O.3     1  LIG1       -0.3909
    150 H           1.8540    1.6970    5.3600 H       1  LIG1        0.2098
    151 C           3.0470    0.0160   -3.1740 C.3     1  LIG1       -0.0497
    152 C           0.8480   -0.6820   -3.9710 C.3     1  LIG1       -0.0497
    153 C           3.0840   -1.4200   -3.6740 C.3     1  LIG1       -0.0528
    154 C           1.9710   -1.4020   -4.7110 C.3     1  LIG1       -0.0528
    155 H           4.0410   -1.6860   -4.1020 H       1  LIG1        0.0265
    156 H           2.8610   -2.1150   -2.8750 H       1  LIG1        0.0265
    157 H           3.5040    0.6700   -3.9040 H       1  LIG1        0.0268
    158 H           3.5860    0.1430   -2.2460 H       1  LIG1        0.0268
    159 H           0.2730   -1.3980   -3.3980 H       1  LIG1        0.0268
    160 H           0.1680   -0.1990   -4.6560 H       1  LIG1        0.0268
    161 H           2.2720   -0.8460   -5.5880 H       1  LIG1        0.0265
    162 H           1.6820   -2.3950   -5.0250 H       1  LIG1        0.0265
    163 C          -2.1640    0.5270    1.6230 C.3     1  LIG1        0.0100
    164 C           0.2710    1.3380    1.0680 C.1     1  LIG1       -0.0981
    165 C          -0.8140    0.9790    1.3560 C.1     1  LIG1       -0.1019
    166 H          -2.5980    1.1600    2.3950 H       1  LIG1        0.0398
    167 H          -2.1500   -0.4880    2.0180 H       1  LIG1        0.0398
@<TRIPOS>BOND
     1     1     2    1
     2     1     6    1
     3     1    33    1
     4     1    46    1
     5     2     3    1
     6     2    36    1
     7     2    47    1
     8     3     4    1
     9     3    31    1
    10     3    32    1
    11     4     5    1
    12     4     7    1
    13     4    48    1
    14     5     6    1
    15     5    10    1
    16     5    30    1
    17     6    49    1
    18     6    95    1
    19     7     8    1
    20     7    50    1
    21     7    51    1
    22     8     9    1
    23     8    52    1
    24     8    53    1
    25     9    10    1
    26     9    11    1
    27     9    29    1
    28    10    14    1
    29    10    54    1
    30    11    12    1
    31    11    15    1
    32    11    34    1
    33    12    13    2
    34    12    18    1
    35    13    14    1
    36    13    55    1
    37    14    56    1
    38    14    57    1
    39    15    16    1
    40    15    58    1
    41    15   134    1
    42    16    17    1
    43    16    59    1
    44    16   144    1
    45    17    18    1
    46    17    19    1
    47    17    26    1
    48    18    22    1
    49    18    60    1
    50    19    20    1
    51    19    61    1
    52    19    62    1
    53    20    21    1
    54    20    63    1
    55    20    64    1
    56    21    22    1
    57    21    23    1
    58    21    24    1
    59    22    65    1
    60    22    66    1
    61    23    67    1
    62    23    68    1
    63    23    69    1
    64    24    25    1
    65    24    70    1
    66    24    71    1
    67    25    72    1
    68    26    27   ar
    69    26    28   ar
    70    29    73    1
    71    29    74    1
    72    29    75    1
    73    30    76    1
    74    30   151    1
    75    30   152    1
    76    31    77    1
    77    31    78    1
    78    31    79    1
    79    32    35    1
    80    32    80    1
    81    32    81    1
    82    33    82    1
    83    34    83    1
    84    34    84    1
    85    34   163    1
    86    35    85    1
    87    36    41    1
    88    37    38    1
    89    37    39    1
    90    37    44    1
    91    37    86    1
    92    38    42    1
    93    38    45    1
    94    38    87    1
    95    39    40    1
    96    39    88    1
    97    39    89    1
    98    40    41    1
    99    41    42    1
   100    41    90    1
   101    42    43    1
   102    42    91    1
   103    43    92    1
   104    44    93    1
   105    45    94    1
   106    95   100    1
   107    95   106    1
   108    95   164    1
   109    96    97    2
   110    97    99   am
   111    97   102    1
   112    98    99    1
   113    99   101    1
   114   100   101    1
   115   100   102    1
   116   100   103    1
   117   101   104    1
   118   101   107    1
   119   102   105    1
   120   102   127    1
   121   107   113    1
   122   107   116    1
   123   107   117    1
   124   108   111   ar
   125   108   113   ar
   126   109   110    1
   127   110   111   ar
   128   110   112   ar
   129   111   114    1
   130   112   113   ar
   131   112   115    1
   132   117   121    1
   133   117   123    1
   134   117   149    1
   135   118   119    1
   136   119   120    1
   137   119   122    1
   138   121   122    1
   139   121   124    1
   140   121   125    1
   141   122   126    1
   142   122   132    1
   143   127   129    1
   144   127   130    1
   145   127   131    1
   146   128   129    1
   147   132   133    1
   148   134   139    1
   149   134   142    1
   150   134   143    1
   151   135   138   ar
   152   135   140   ar
   153   136   137    1
   154   137   138   ar
   155   137   139   ar
   156   138   141    1
   157   139   140   ar
   158   140   145    1
   159   144   145    1
   160   144   147    1
   161   144   148    1
   162   145   146    1
   163   149   150    1
   164   151   153    1
   165   151   157    1
   166   151   158    1
   167   152   154    1
   168   152   159    1
   169   152   160    1
   170   153   154    1
   171   153   155    1
   172   153   156    1
   173   154   161    1
   174   154   162    1
   175   163   165    1
   176   163   166    1
   177   163   167    1
   178   164   165    3




--
View this message in context: http://forums.openbabel.org/Cannot-understand-the-element-label-Du-tp4659404.html
Sent from the General discussion mailing list archive at Nabble.com.

------------------------------------------------------------------------------
What NetFlow Analyzer can do for you? Monitors network bandwidth and traffic
patterns at an interface-level. Reveals which users, apps, and protocols are
consuming the most bandwidth. Provides multi-vendor support for NetFlow,
J-Flow, sFlow and other flows. Make informed decisions using capacity planning
reports.http://sdm.link/zohodev2dev
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss


------------------------------------------------------------------------------
What NetFlow Analyzer can do for you? Monitors network bandwidth and traffic
patterns at an interface-level. Reveals which users, apps, and protocols are
consuming the most bandwidth. Provides multi-vendor support for NetFlow,
J-Flow, sFlow and other flows. Make informed decisions using capacity planning
reports.http://sdm.link/zohodev2dev
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: Cannot understand the element label Du.

jrhaulung
In reply to this post by jrhaulung
Thank you ALL:
     Instead of a Du issue, the problem comes from APPCrash problem (c0000005; 00001892). It only occurs when encountering specific files, but not every files. Has temporally solved the problem by converting in another computer. Using sfc /scannow shows no problem and will try to figure out which program conflict with babel.exe.

sincerely,

Jrhau
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: Cannot understand the element label Du.

mirix
It is probably unrelated and not the case any more but in the past I have had issues with line breaks format with certain files from the PDB. So I needed to use dos2unix (in your case it would be unix2dos). Another similar problems had to do with exotic (like old Windows) character encodings (I do not remember what tool I used at the time to batch convert the files prior to parse them with OB, but it was some standard Linux command).


--
Edelmiro Moman, PhD
Department of Molecular Medicine
Royal College of Surgeons in Ireland

POSTAL ADDRESS:

L5.08
Trinity Biomedical Sciences Institute - TBSI
Trinity College Dublin
152- 160 Pearse St
Dublin 2
IRELAND

Phone: +353 (0)1 896 3527

On 26 July 2016 at 13:08, jrhaulung <[hidden email]> wrote:
Thank you ALL:
     Instead of a Du issue, the problem comes from APPCrash problem
(c0000005; 00001892). It only occurs when encountering specific files, but
not every files. Has temporally solved the problem by converting in another
computer. Using sfc /scannow shows no problem and will try to figure out
which program conflict with babel.exe.

sincerely,

Jrhau



--
View this message in context: http://forums.openbabel.org/Cannot-understand-the-element-label-Du-tp4659404p4659409.html
Sent from the General discussion mailing list archive at Nabble.com.

------------------------------------------------------------------------------
What NetFlow Analyzer can do for you? Monitors network bandwidth and traffic
patterns at an interface-level. Reveals which users, apps, and protocols are
consuming the most bandwidth. Provides multi-vendor support for NetFlow,
J-Flow, sFlow and other flows. Make informed decisions using capacity planning
reports.http://sdm.link/zohodev2dev
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss


------------------------------------------------------------------------------
What NetFlow Analyzer can do for you? Monitors network bandwidth and traffic
patterns at an interface-level. Reveals which users, apps, and protocols are
consuming the most bandwidth. Provides multi-vendor support for NetFlow,
J-Flow, sFlow and other flows. Make informed decisions using capacity planning
reports.http://sdm.link/zohodev2dev
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss
Loading...