Error when doing SDF -> XYZ -> SDF

Previous Topic Next Topic
 
classic Classic list List threaded Threaded
1 message Options
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Error when doing SDF -> XYZ -> SDF

laetis69003
When corverting a SDF file to XYZ and to SDF again. The final SDF gives a different molecule than the initial SDF, the charge has been removed and a radical had be put. How can I overcome that?

Initial smiles:
     RDKit          3D

 21 20  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -3.3512   -0.2818    0.4171 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.1548   -0.2898   -0.4241 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.9046    0.0525    0.3971 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.3516    0.0449   -0.4820 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.6006    0.3870    0.3390 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.8536    0.3790   -0.5403 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.0407    0.7076    0.2566 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.9773    0.9667    0.8851 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.2605   -0.9941    1.1777 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.1836   -0.5180   -0.1700 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4902    0.6669    0.8351 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.2772    0.4532   -1.2435 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.0352   -1.2968   -0.8826 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.0302    1.0593    0.8528 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.7878   -0.6930    1.2142 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.4755   -0.9624   -0.9377 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.2330    0.7905   -1.2992 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.4764    1.3948    0.7947 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.7190   -0.3589    1.1564 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.7526    1.1284   -1.3542 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.9952   -0.6259   -0.9923 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0
  2  3  1  0
  3  4  1  0
  4  5  1  0
  5  6  1  0
  6  7  1  0
  7  8  3  0
  1  9  1  0
  1 10  1  0
  1 11  1  0
  2 12  1  0
  2 13  1  0
  3 14  1  0
  3 15  1  0
  4 16  1  0
  4 17  1  0
  5 18  1  0
  5 19  1  0
  6 20  1  0
  6 21  1  0
M  CHG  1   1   1
M  END
$$$$

Intermediate XYZ
21

N         -3.35120       -0.28180        0.41710
C         -2.15480       -0.28980       -0.42410
C         -0.90460        0.05250        0.39710
C          0.35160        0.04490       -0.48200
C          1.60060        0.38700        0.33900
C          2.85360        0.37900       -0.54030
C          4.04070        0.70760        0.25660
N          4.97730        0.96670        0.88510
H         -3.26050       -0.99410        1.17770
H         -4.18360       -0.51800       -0.17000
H         -3.49020        0.66690        0.83510
H         -2.27720        0.45320       -1.24350
H         -2.03520       -1.29680       -0.88260
H         -1.03020        1.05930        0.85280
H         -0.78780       -0.69300        1.21420
H          0.47550       -0.96240       -0.93770
H          0.23300        0.79050       -1.29920
H          1.47640        1.39480        0.79470
H          1.71900       -0.35890        1.15640
H          2.75260        1.12840       -1.35420
H          2.99520       -0.62590       -0.99230

Final SDF
 OpenBabel07041715563D

 21 20  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -3.3512   -0.2818    0.4171 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.1548   -0.2898   -0.4241 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.9046    0.0525    0.3971 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.3516    0.0449   -0.4820 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.6006    0.3870    0.3390 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.8536    0.3790   -0.5403 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.0407    0.7076    0.2566 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.9773    0.9667    0.8851 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.2605   -0.9941    1.1777 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.1836   -0.5180   -0.1700 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4902    0.6669    0.8351 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.2772    0.4532   -1.2435 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.0352   -1.2968   -0.8826 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.0302    1.0593    0.8528 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.7878   -0.6930    1.2142 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.4755   -0.9624   -0.9377 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.2330    0.7905   -1.2992 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.4764    1.3948    0.7947 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.7190   -0.3589    1.1564 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.7526    1.1284   -1.3542 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.9952   -0.6259   -0.9923 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1 11  1  0  0  0  0
  1  9  1  0  0  0  0
  2  3  1  0  0  0  0
  2  1  1  0  0  0  0
  3 14  1  0  0  0  0
  3 15  1  0  0  0  0
  4  5  1  0  0  0  0
  4  3  1  0  0  0  0
  5 18  1  0  0  0  0
  5 19  1  0  0  0  0
  6  7  1  0  0  0  0
  6  5  1  0  0  0  0
  7  8  3  0  0  0  0
 10  1  1  0  0  0  0
 12  2  1  0  0  0  0
 13  2  1  0  0  0  0
 16  4  1  0  0  0  0
 17  4  1  0  0  0  0
 20  6  1  0  0  0  0
 21  6  1  0  0  0  0
M  RAD  1   8   3
M  END
$$$$

Thanks for help.
Loading...