MMFF94 type 48 and OpenBabel

Previous Topic Next Topic
 
classic Classic list List threaded Threaded
1 message Options
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

MMFF94 type 48 and OpenBabel

Paolo Tosco
Dear OpenBabel developers,

I have noticed that the following command

$ obenergy -ff MMFF94 test.sdf

fails assigning proper atom type 48 (NSO) to the appropriate nitrogen
atoms in the test.sdf file attached at the end of this e-mail; the error
message is:
obenergy: could not setup force field.

The attached patch seems to fix the problem with no collateral issues (I
have tested it on the whole MMFF94 validation set); you may wish to
include it in the forthcoming 2.3 release.

Best regards,
Paolo


##### ATTACHMENTS #####


##### test.sdf #####

TEST1

TEST1
  23 22  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000
     3.6430    9.3360   15.9670 S   0  0  3  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     2.5020   10.2320   15.9340 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.6330    7.9470   15.2960 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     5.0530   10.2190   15.3270 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     4.0640    9.0820   17.6870 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.8230   10.3350   18.5340 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     4.7010   10.3640   19.7740 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     4.1030   11.3320   20.7820 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     6.1610   10.8340   19.4750 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     6.6680   10.4900   18.3860 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     6.5560   11.5890   20.4210 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     2.8040    7.4110   15.5590 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     5.9490    9.6110   15.4640 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     5.1490   11.1680   15.8570 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     4.8820   10.4100   14.2650 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     5.0950    8.7210   17.7140 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.4240    8.2720   18.0550 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     4.0060   11.2430   17.9450 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     2.7620   10.3620   18.8130 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     4.7340    9.3950   20.2830 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     4.9810   11.7050   21.2270 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.5150   10.9120   21.5000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.6860   12.1540   20.3370 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1  2  2  0  0  0  0
   1  3  2  0  0  0  0
   1  4  1  0  0  0  0
   1  5  1  0  0  0  0
   3 12  1  0  0  0  0
   4 13  1  0  0  0  0
   4 14  1  0  0  0  0
   4 15  1  0  0  0  0
   5  6  1  0  0  0  0
   5 16  1  0  0  0  0
   5 17  1  0  0  0  0
   6  7  1  0  0  0  0
   6 18  1  0  0  0  0
   6 19  1  0  0  0  0
   7  8  1  0  0  0  0
   7  9  1  0  0  0  0
   7 20  1  0  0  0  0
   8 21  1  0  0  0  0
   8 22  1  0  0  0  0
   8 23  1  0  0  0  0
   9 10  2  0  0  0  0
   9 11  1  0  0  0  0
M  END
$$$$
TEST2

TEST2
  26 27  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000
     0.8740    2.9590    0.7490 S   0  0  3  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     1.0730    1.6580    0.1410 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    -0.7560    4.8570   -1.7030 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     1.1860    5.4700   -0.7410 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    -0.2170    3.9610    0.3550 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     0.7470    2.6930    2.5080 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     1.3310    1.5510    3.0640 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     1.2510    1.3370    4.4410 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     0.5840    2.2560    5.2530 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    -0.0100    3.3870    4.6920 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     0.0660    3.6090    3.3160 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     0.0130    4.7590   -0.7600 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     2.0520    5.3190    0.4040 C   0  0  3  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     2.4060    3.8530    0.5900 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.3020    6.1490    0.1410 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     1.8390    0.8210    2.4380 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     1.6980    0.4490    4.8800 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     0.5160    2.0820    6.3240 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    -0.5440    4.0900    5.3270 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    -0.4200    4.4840    2.8920 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     1.5430    5.7310    1.2850 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.0360    3.6750    1.4650 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     2.9060    3.4530   -0.2990 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.0350    7.2000   -0.0150 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     4.0030    6.0870    0.9800 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.8120    5.8160   -0.7690 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1  2  2  0  0  0  0
   1  5  2  0  0  0  0
   1  6  1  0  0  0  0
   1 14  1  0  0  0  0
   3 12  2  0  0  0  0
   4 12  1  0  0  0  0
   4 13  1  0  0  0  0
   5 12  1  0  0  0  0
   6  7  1  0  0  0  0
   6 11  2  0  0  0  0
   7  8  2  0  0  0  0
   7 16  1  0  0  0  0
   8  9  1  0  0  0  0
   8 17  1  0  0  0  0
   9 10  2  0  0  0  0
   9 18  1  0  0  0  0
  10 11  1  0  0  0  0
  10 19  1  0  0  0  0
  11 20  1  0  0  0  0
  13 14  1  0  0  0  0
  13 15  1  0  0  0  0
  13 21  1  0  0  0  0
  14 22  1  0  0  0  0
  14 23  1  0  0  0  0
  15 24  1  0  0  0  0
  15 25  1  0  0  0  0
  15 26  1  0  0  0  0
M  END
$$$$
TEST3

TEST3
  21 21  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
     1.7960    1.3130    7.9490 S   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     1.4860    0.8970    6.2780 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     0.2130    1.1310    5.9570 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    -0.5630    1.6810    7.0490 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     0.1450    1.8480    8.1680 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     2.7730    0.2960    5.3600 Cl  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    -0.4490    0.8410    4.4040 Cl  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    -2.2170    2.0950    6.8950 Cl  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    -0.2920    2.4710    9.6780 Cl  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     2.8680    2.4060    8.1590 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     2.8020    3.6210    7.5010 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     1.9110    3.9210    6.7170 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.8370    4.4330    7.8270 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.8250    5.7060    7.1760 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     5.0370    6.4890    7.6420 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     1.8910    0.0430    8.6560 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     3.8700    5.5680    6.0900 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     2.9100    6.2490    7.4420 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     5.0700    7.4750    7.1690 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     5.9590    5.9500    7.4020 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
     5.0170    6.6190    8.7290 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1  2  1  0  0  0  0
   1  5  1  0  0  0  0
   1 10  2  0  0  0  0
   1 16  2  0  0  0  0
   2  3  2  0  0  0  0
   2  6  1  0  0  0  0
   3  4  1  0  0  0  0
   3  7  1  0  0  0  0
   4  5  2  0  0  0  0
   4  8  1  0  0  0  0
   5  9  1  0  0  0  0
  10 11  1  0  0  0  0
  11 12  2  0  0  0  0
  11 13  1  0  0  0  0
  13 14  1  0  0  0  0
  14 15  1  0  0  0  0
  14 17  1  0  0  0  0
  14 18  1  0  0  0  0
  15 19  1  0  0  0  0
  15 20  1  0  0  0  0
  15 21  1  0  0  0  0
M  END
$$$$





##### PATCH #####

*** src/forcefields/forcefieldmmff94.cpp        2010-09-23
18:05:15.000000000 +0200
--- src/forcefields/forcefieldmmff94.cpp        2010-09-23
18:09:39.000000000 +0200
***************
*** 2191,2197 ****
             }
           }

!         if (atom->BOSum() == 2) {
             oxygenCount = sulphurCount = 0;

             FOR_NBORS_OF_ATOM (nbr, atom) {
--- 2191,2197 ----
             }
           }

!         if (atom->BOSum() >= 2) {
             oxygenCount = sulphurCount = 0;

             FOR_NBORS_OF_ATOM (nbr, atom) {




--

================================================================
Paolo Tosco, Ph.D.                 Phone: +39 011 6707680
Dipartimento di Scienza            Fax:   +39 011 6707687
e Tecnologia del Farmaco           Mob:   +39 348 5537206
Via Pietro Giuria, 9               E-mail: [hidden email]
I-10125 Torino
Italy                              http://www.open3dqsar.org
================================================================


------------------------------------------------------------------------------
Nokia and AT&T present the 2010 Calling All Innovators-North America contest
Create new apps & games for the Nokia N8 for consumers in  U.S. and Canada
$10 million total in prizes - $4M cash, 500 devices, nearly $6M in marketing
Develop with Nokia Qt SDK, Web Runtime, or Java and Publish to Ovi Store
http://p.sf.net/sfu/nokia-dev2dev
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss