"Append" in Windows GUI?

Previous Topic Next Topic
 
classic Classic list List threaded Threaded
1 message Options
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

"Append" in Windows GUI?

Collins, Tony J.

Hi,

Just starting with this so it could be a naive question...

I'm exporting SDF files from an ActivityBase database with a lot of the metadata, including the name and IDs as fields after the structure information. e.g. below.

 

When converting this the name is lost - presumably because it's not right at the top. Reading around it looks like the "--append" function should be able to add the name field to the top of the structure? http://openbabel.org/wiki/--append

 

I'm trying to figure out how to do  this in the Windows GUI. There's a few candidates for the append function in the Open Babel GUI but they seem to either

hang the software ("Append Properties or descriptors in list to title") or add what I'm trying to put in as the field name ("Append Text tot title").

 

I've tried putting the following text in the "Append Properties or descriptors in list to title":

 

$MolName                                         Error: "Not recognised as descriptor"

>  <$MolName>                               hang, restart via task mgr

<$MolName>                                    hang, restart via task mgr

 

 

Am I using the right function?

Many thanks in advance.

 

Tony

 

 

 

-IDBS-   070620121031

 

33 35  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000

    6.2917    8.0488    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    5.2468    7.4587    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    3.9549    8.2209    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    2.6489    7.4832    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    2.6346    5.9832    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    1.3293    5.2425    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    1.3173    3.7417    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    0.0120    3.0009    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    0.0000    1.5002    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   -1.2989    0.7501    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   -2.5978    1.5002    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   -3.8968    0.7501    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   -3.8968   -0.7501    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   -2.5978   -1.5002    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   -1.2989   -0.7501    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    0.0000   -1.5002    0.0000 S   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    1.2806   -0.7501    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    2.5978   -1.5002    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    3.8968   -0.7501    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    3.8968    0.7501    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    4.9360    1.3500    0.0000 Cl  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    2.5978    1.5002    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    1.2806    0.7501    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    3.9266    5.2210    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    5.2327    5.9587    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   10.3535    4.9354    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   10.3535    3.7354    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    9.3141    3.1357    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   11.6535    2.9854    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   12.9535    3.7354    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   12.9550    5.2362    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   13.9944    5.8359    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   11.9161    5.8368    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

  1  2  1  0     0  0

  2  3  1  0     0  0

  3  4  1  0     0  0

  4  5  1  0     0  0

  5  6  1  0     0  0

  6  7  1  0     0  0

  7  8  1  0     0  0

  8  9  1  0     0  0

  9 10  1  0     0  0

10 11  2  0     0  0

11 12  1  0     0  0

12 13  2  0     0  0

13 14  1  0     0  0

14 15  2  0     0  0

15 10  1  0     0  0

15 16  1  0     0  0

16 17  1  0     0  0

17 18  2  0     0  0

18 19  1  0     0  0

19 20  2  0     0  0

20 21  1  0     0  0

20 22  1  0     0  0

22 23  2  0     0  0

23  9  1  0     0  0

23 17  1  0     0  0

  5 24  1  0     0  0

24 25  1  0     0  0

25  2  1  0     0  0

26 27  1  0     0  0

27 28  2  0     0  0

27 29  1  0     0  0

29 30  2  0     0  0

30 31  1  0     0  0

31 32  2  0     0  0

31 33  1  0     0  0

M  STY  1   1 DAT

M  SLB  1   1   1

M  SAL   1  2  29  30

M  SBL   1  1  32

M  SDT   1 IDBS_GEOMETRIC                F

M  SDD   1    12.1865    3.1224    DA    ALL  1       5 

M  SED   1 Z

M  END

>  <$MolName>

"10H-Phenothiazine"

 

>  <Library ID>

NIH_NGP

 

>  <Compound ID>

SCCRI000923

 

$$$$


------------------------------------------------------------------------------
Live Security Virtual Conference
Exclusive live event will cover all the ways today's security and
threat landscape has changed and how IT managers can respond. Discussions
will include endpoint security, mobile security and the latest in malware
threats. http://www.accelacomm.com/jaw/sfrnl04242012/114/50122263/
_______________________________________________
OpenBabel-discuss mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-discuss